Liceul își are originile prin anul 1634, când iezuiții primesc aprobarea de a deschide un colegiu în oraș. Noua instituție este susținută printr-un edict de întărire dat în 1639 la Viena de către împăratul Ferdinand al III-lea. Funcționează cu puține excepții până în 1804, când printr-un decret dat de Francisc I este susținut din fondurile statului.
În anul școlar 1919-1920 tineretul român a pornit cu însuflețire la formarea viitorului națiunii. Ideile romanismului au fost în permanență promovate, pentru a contribui la progresul țării. Școala pentru români primea valențe noi, fapt dovedit de înscrierea și frecventarea cursurilor liceale în Satu Mare de către tot mai mulți elevi.
După revoluţia din 1989 se reconsideră locul şi rolul liceului în structura învăţământului românesc. Odată cu noua titulatură de Colegiu se diversifică profilurile şi se afirmă statutul de colegiu teoretic care pregăteşte elevii pentru învăţământul superior şi pune un accent deosebit pe pregătirea de performanţă a lor. Ca semn al recunoaşterii locului pe care îl ocupă în elita învăţământului românesc, din anul 2000 se numeşte Colegiu Naţional. Colegiul Naţional Mihai Eminescu este o mare familie răspândită în timp şi în spaţiu ale cărei limite sunt greu de stabilit. Absolvenţii noştri fac cinste „familiei” ca studenţi de elită, ca specialişti în diverse domenii, ca manageri de instituţii, ca oameni politici sau ca dascăli de renume în diferite şcoli şi facultăţi. Există familii care au trecut prin acest colegiu generaţii la rând şi au aceleaşi cuvinte de laudă pentru dascălii lor.
